玉米属于异花授粉作物，易于进行杂交，生产上应用的玉米良种多为杂交种。玉米杂交种是由2个或2个以上相异类型的亲本杂交育成的。按其亲本类型、数量不同，可分为品种间杂交种、品种与自交系间杂交种、自交系间杂交种及综合杂交种4种。

  现代玉米育种的主流是杂种优势育种，基本途径是先选育纯合的亲本自交系，再将亲本自交系杂交，选育出杂种优势强的杂交种。生产上利用的是F1代的杂种优势。自交系的选育不但要求本身性状优良，还要求配合力高。这就大幅度的提升了育种的难度，延长了育种的周期。不仅如此，自交系的性状同杂交种的性状虽然有关系，但仍然有距离，在杂交种水平上还要对农艺性状做出合理的选择鉴定，同时对主要目标性状的杂种优势水平作比较，最终育成优良杂交品种。

  这种选育方法就是在分离的原始群体中选择个体自交系，经若干世代按目测自交选择之后，进行配合力的测定，最终选出优良的自交系。在育种规模不大的情况下，常规选育法，更多地依靠育种者的经验。

  其基本原理是利用自然或人工的诱发、培育的单倍体植株经过人工的染色体加倍或自然加倍获得纯合的二倍体，然后再从中选育优良的单株，成为自交系。单倍体育种一般只需2年就能获得纯合的自交系，比常规方法缩短了育种的周期，对育种家有很大的吸引力。

  此种方法的诱变机理主要以损伤恢复，在恢复过程中发现有利的变异，因而在选择原始材料上要兼顾遗传基础丰富和抗损伤能力强，在选系过程中要注意淘汰各种畸形株和不利变异，选择突变性状明显的健康的植株。

  所谓分子选系法是在DNA水平上开展的自交系选育，包括转基因选系法和分子标记辅助选系法。转基因选系就是借助遗传转化技术，将一些其他动植物有利的外源基因导人自交系或杂交种内，育成有外源基因控制性状的优良自交系，这种方法对于改造玉米基因库中不具备的某些目标性状是致关重要的。

  改良自交系最常用的方法是回交转育法。回交转育法就是以被改良的自交系为轮回亲本，以目的基因供体亲本为非轮回亲本，经过5代以上的回交改良和1~2代的自交稳定后，就可以育成新的改良自交系。回交效果的好坏同目标性状的遗传方式有关，一般回交法对简单性状或单基因控制的性状以及细胞质遗传性状最有效，对复杂性状效果差。

  自交系的选育已经为杂交种选育提供了大量资料和信息。在应用优良自交系选育杂交种之前，需要对所使用的亲本有较详细的了解，并遵照某些原则在亲本间组配。亲缘关系远，地理差异大，例如采用国外系x国内系的组配模式已经被国内育种家广泛认识；类型有差异，性状要互补，类型间的差异通常反应了基因型的差异，性状互补更重要，特别是重要的抗性性状，至少在亲本之一中要存在；农艺性状和种子生产性能好，这对于新杂交种的应用很重要；配合力要高，这是最基本的条件之一，特别是产量性状的配合力要高。

  单交种的组配除了育种者通过你自己的经验选配亲本之外，一般会用最多的方法有2种：一是轮配法，单交组合数=P(P-1)／2，其中的P为亲本数；二是骨干系法，单交组合数；M×N，即将自交系分为M、N两组。在组间做可能的杂交，其中一组为骨干自交系组成，另一组为新自交系组成。这种方法通常最为有效。

  原始材料圃种植从国内外搜集来的原始材料，分类型种植，每份种几十株。应该不断引入新的种质，丰富育种材料的基因库。有目的地引进具有丰产、抗倒伏、抗病虫害和优质等特性的材料。要严防不一样的材料间发生机械混杂和生物学混杂，保持原始材料的典型性和一致性。对所有材料定时进行观察记载。根据育种目标，选择材料来重点研究，以便选作杂交亲本。

  从原始材料圃中每年选出合乎杂交育种目的的材料作为亲本，种于亲本圃。杂交亲本应分期播种，以便花期相遇；并适当加大行株距，便于进行杂交。

  种植杂交组合各世代群体的地段称选种圃，有时也将种植F1、F2的地段称杂种圃。采用系谱法时，在选种圃内连续选择单株，直到选出优良一致的品系升级为止。F1、F2按组合混种，点播稀植，肥力宜高。从F2开始，当选单株种成株行，小株作物每10～20行，中株作物每5～10行种一行对照。必要时，可在每一组合的前后种植亲本。杂种株行或株系在选种圃的年限，因性状稳定所需的世代而不同。

  主要种植从选种圃升级的新品系。条播，种植密度接近大田生产，进行初步的产量比较试验及性状的进一步评定。由于升级的品系数目很多，而每一晶系的种子数量较少，所以鉴定圃的小区面积较小，重复2―3次。多采用顺序排列，每隔4区或9区种一对照区。每一品系一般试验1～2年。产量超过对照品种并达一定标准的优良一致晶系升级至品种比较试验，少数再试验一年，其余淘汰。

  种植由鉴定圃升级的晶系，或接着来进行试验的优良品种。品种数目相对较少，小区面积较大，重复4～5次。在较大面积上对品种的产量、生育期、抗性等进行更精确和详细的考察。小区排列宜用随机区组设计，以提高试验的准确性。